STOVIA merupakan penyempurnaan dari sistem pendidikan kedokteran Sekolah Dokter Jawa yang didirikan pada tahun 1851 di Rumah Sakit Militer Weltevreeden (sekarang Rumah Sakit Pusat Angkatan Darat Gatot Soebroto). Sekolah Dokter Jawa menempati salah satu bangunan yang ada dalam rumah sakit militer, karena pengajarnya merangkap sebagai dokter di rumah sakit tersebut.

Aktifitas pendidikan dan asrama Sekolah Dokter Jawa yang berlangsung setiap hari dinilai mengganggu kenyamanan rumah sakit, karena itu dewan pengajar memutuskan untuk memindahkannya dari lingkungan rumah sakit militer Weltevreden. Tahun 1899 Direktur Sekolah Dokter Jawa Dokter H.F. Rool, mulai melaksanakan pembangunan gedung baru disamping rumah sakit militer.

Kegiatan pembangunan gedung sempat terhenti karena kekurangan biaya, karena itu Dokter H.F. Rool selaku Direktur Sekolah Dokter Jawa berjuang keras mengumpulkan dana untuk membiayai pembangunan gedung tersebut. Berkat bantuan pengusaha perkebunan dari Deli, pembangunan gedung dan asrama pelajar kedokteran dapat diselesaikan pada bulan September 1901.

Tanggal 1 Maret 1902 gedung tersebut secara resmi digunakan untuk pendidikan kedokteran dan asrama yang dilengkapi dengan berbagai macam fasilitas yang dibutuhkan oleh penghuninya. Gedung baru tersebut menjadi tempat belajar dan tempat tinggal yang menyenangkan, karena lingkungan sekitar gedung sangat asri. Halaman gedung dipenuhi hamparan rumput diselingi dengan taman-taman yang indah.

Pemanfaatan gedung baru menandai terjadinya perubahan dalam sistem pendidikan kedokteran di Hindia Belanda, Sekolah Dokter Jawa diganti menjadi School tot Opleiding van Inlandsche Artsen (STOVIA) atau Sekolah Dokter Bumiputra dengan masa pendidikan 9 tahun. Kurikulum pendidikan di STOVIA disesuaikan dengan School Voor Officieren van gezondeid di Utrech, sehingga lulusan STOVIA diharapkan sama dengan lulusan sekolah serupa di Eropa.

Pelajar STOVIA yang sudah menyelesaikan pendidikannya mendapatkan gelar Inlandsch Arts atau dokter Bumiputra. Mereka diangkat menjadi pegawai pemerintah dan ditempatkan di daerah-daerah terpencil untuk mengatasi berbagai macam penyakit menular. Dokter-dokter muda ini akan dibekali dengan tas kulit yang berisi alat-alat kedokteran dan uang saku untuk perjalanan menuju lokasi tugas.

Tanah yang digunakan untuk membangun gedung STOVIA berbentuk persegi panjang yang tidak sempurna. Bangunan di bagian timur dimanfaatkan untuk kantor direktur, kantor dewan pengajar, tata usaha, poliklinik dan ruang kelas. Bangunan di bagian utara, barat dan selatan dimanfaatkan sebagai asrama yang dilengkapi dengan kamar mandi. Pada bagian tengah halaman terdapat tiga bangunan yang dimanfaatkan untuk praktek fisika dan kimia, kegiatan senam (gymnastic) dan ruang rekreasi.

STOVIA menjadi lembaga pendidikan pertama yang menjadi tempat berkumpulnya para pelajar dari berbagai wilayah, karena pemerintah memberi kesempatan yang sama untuk menjadi pelajar STOVIA kepada semua anak bumi putera yang memenuhi syarat. Pelajar STOVIA umumnya memiliki kecerdasan yang cukup tinggi, karena persyaratan untuk masuk menjadi pelajar STOVIA harus melalui proses yang sangat ketat dan selektif.

Anak-anak yang sudah diterima menjadi pelajar STOVIA harus tinggal dalam asrama yang dipimpin oleh seorang pengawas Indo-Belanda yang disebut dengan suppoost. Interaksi yang terjadi dalam kehidupan asrama STOVIA menjadi media untuk mempelajari adat istadat suku bangsa lain, sehingga tercipta suasana saling memahami akan perbedaan kehidupan sosial dan kebudayaan. Rasa persaudaraan antar penghuni asrama sudah mulai lahir, mereka sudah tidak lagi memperdulikan perbedaan etnis, budaya atau agama.

Seiring dengan perkembangan zaman gedung STOVIA dianggap tidak representatif lagi untuk dijadikan sebagai tempat pendidikan dokter, karena itu pemerintah Hindia Belanda membangun gedung baru di Salemba yang bernama Centrale Burgerlijke Ziekeninrichting (sekarang menjadi Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo). Gedung tersebut menjadi tempat pendidikan kedokteran merangkap rumah sakit, peralatan kedokteran yang ada didalamnya sama dengan yang ada di Eropa.

Mulai bulan Juli 1920 kegiatan pendidikan STOVIA pindah ke gedung baru di Salemba, ruang-ruang kelas yang ada dimanfaatkan sebagai tempat belajar Sekolah Asisten Apoteker. Pelajar STOVIA diberikan kebebasan untuk memilih tempat tinggal di asrama STOVIA atau kos di rumah penduduk yang ada di daerah sekitar Salemba.

Tahun 1926 gedung STOVIA tidak lagi dimanfaatkan untuk kegiatan pendidikan, semua aktifitas pendidikan kedokteran dipindahkan ke Salemba termasuk asrama para pelajarnya. Pemerintah kolonial HINDIA Belanda kemudian memanfaatkan gedung STOVIA sebagai tempat pendidikan sekolah Meer Uitgebreid Lager Onderwijs (MULO) yang berarti pendidikan dasar lebih luas atau setara dengan SMP dimasa sekarang.